W drugiej turze wyborów prezydenckich, która odbyła się 1 czerwca 2025 roku, mieszkańcy Krakowa zdecydowanie poparli Rafała Trzaskowskiego. Według oficjalnych danych Państwowej Komisji Wyborczej, Trzaskowski zdobył 62,16% głosów, podczas gdy jego rywal, Karol Nawrocki, uzyskał 37,84%.
Frekwencja w Krakowie była wyjątkowo wysoka i wyniosła 79,71%, co czyni stolicę Małopolski jednym z miast o najwyższej aktywności wyborczej w kraju. W sumie na Trzaskowskiego zagłosowało 307 189 osób, a na Nawrockiego 187 004 wyborców.